آیت‌الله اعرافی در دیدار اعضای «کانون فرهنگی تبلیغی تمدن نوین و مجری «طرح مطالعاتی آثار آیت‌الله مصباح یزدی» اظهار داشت: بنده از کسانی بودم که با مرحوم آیت‌الله مصباح یزدی نزدیک و در موضوعاتی همچون تعلیقه نهایه بحث علمی داشته و به نوعی مأنوس علمی بودم. این مربوط به سال ۶۰ است حتی قبل از انقلاب ایشان جلساتی داشتند که من در آن‌ها شرکت می‌کردم اما از سال ۱۳۶۰ در یک تعامل کاری قرار گرفتیم. تمام آرای جدید فلسفی ایشان که مهم و بنیادین است را مرور کردم و با آیت‌الله جوادی بحث کرده‌ام.
عضو شورای عالی حوزه‌های علمیه، اظهار داشت: در مباحث مدیریتی در طول ۳۰ سال در مراکز مختلف، طراحی، تشکیلاتی و برنامه‌ریزی انجام می‌دادم، با ایشان ارتباط مستمر داشته و بیشترین راهنمایی در مباحث مدیریتی، فکری، ساختاری و نهادی، با ایشان وفاق داشتم.
آیت‌الله اعرافی با اشاره به مباحث سیاسی و اندک تفاوت دیدگاه‌ها در این زمینه، گفت: وقتی آیت‌الله مصباح مرحوم شدند من در سفر استانی کرمان بودم؛ در همان جا بدون اینکه با دیگران مشورت کنم، اطلاعیه دادم و حوزه علمیه را تعطیل کردم که آقای حجازی از دفتر رهبری تماس گرفت و گفت اطلاعیه شما درست بود و خیلی خوب کردید که تعطیل اعلام کردید.
وی افزود: ایشان واقعاً عمیق و نوآور بود. نوآوری ایشان در مباحث فلسفی از بزرگانی چون شهید مطهری بیشتر بوده و در هر موضوعی همچون کلام، فلسفه و تفسیر قلم می‌زد، عمیق و نوآورانه این کار را انجام می‌داد و شاید بعد از علامه طباطبایی، ایشان را نام برد که به عمقی این کارها را انجام می‌داد.
