یکی از موضوعات مطرح در اسلام‌شناسی، پرسش از رابطه فلسفه با اعتقادات دینی است. علمای بزرگ در طول تاریخ اسلام پاسخ های متفاوتی به این پرسش داده اند و بحث ها و جدل های بسیاری در این خصوص درگرفته است. چندی پیش نیز، سایت مباحثات به این موضوع پرداخت و نقدها و پاسخ های حسن میلانی و قادر فاضلی را منعکس کرد. واقعیت این است که بحث جایگاه علوم عقلی، هم برای موافقان و هم مخالفان فلسفه بحث جذابی است و همواره یکی از بحث های داغ محافل طلاب و روحانیون بوده است. نسبت ما با فلسفه و علوم عقلی، نوع تفسیر ما از متون مقدس را شکل می دهد و از این منظر، بحث فلسفه تاثیر ژرفی در مقوله تفسیر می گذارد. آیا اینکه تفسیر ارزشمند المیزان توسط علامه ای به نگارش درآمد که خود عمری را به تلمذ و تدریس فلسفه اسلامی پرداخت، دلیل بر ارزشمند بودن فلسفه نیست؟
برخی اصولا ترکیب «فلسفه اسلامی» را یک تناقض می دانند و این سوال را مطرح می کنند که آیا تحقق فلسفه اسلامی امکان‌پذیر است؟ یکی از پرسش‌های مربوط به هویت فلسفه اسلامی به امکان آمیختگی فلسفه با اسلام و نقش و کارکرد آموزه‌های اسلامی در مقام گردآوری و داوری دستاوردهای فلسفی برمی‌گردد.
برای پاسخ به سوالات فوق که البته نمیتوان آنها را در یک مقاله کوتاه گنجاند، میتوان مروری بر پیشینه مواضع برخی از علما و روحانیون بزرگ تاریخ منجمله امام راحل (ره) داشته باشیم. در مناظره خواندنی میان حجت الاسلام حسن میلانی و قادر فاضلی، حجت الاسلام میلانی تاکید می کند که «اصلاً فلسفه معنایی ندارد که اصالت اسلامی داشته باشد.» به عقیده این روحانی، فلسفه اصلش متعلّق به یونان است و برخی بی‌جهت میگویند فلسفه اسلام. به گفته حسن میلانی فلاسفه یونان به هیچ عنوان اصلاً نبی، پیغمبر و خدا را قبول نداشتند، تنها به این قائل بودند که وجود یک چیز عزلی است که پیوسته صورت‌هایش عوض می‌شود. ایشان سپس از ایجاد گروهی میگویند که به آنها فیلسوف و فلاسفه اسلامی میگویند که در تناقض با اسلام است.
واقعیت این است که از همان قرون اولیه تمدن اسلامی و همزمان با عصر ترجمه، مخالفت هایی با فلسفه شد که بی شباهت به اظهارات حجت الاسلام میلانی نبود. از سوی دیگر، برخی از مخالفان فلسفه اسلامی، این دانش را به علت اولویت قائل شدن برای قوه تعقل بشری، کفرآمیز می‌دانند. این گروه تعبد را مقابل تعقل قرار می دهند و فلسفه را مسیر مناسبی برای تعبد قلمداد نمی کنند. البته این نوع نگرش از سوی حکمای الهی که در مکتب فلسفه متعالیه به نهایت رشد خود رسید به چالش کشیده شد. حضرت امام (ره) نیز از همین منظر نظر مساعدی به فلسفه یا به عبارت بهتر حکمت داشتند و از سوی بسیاری از نقل گرایان مورد هجمه قرار گرفتند.
علاوه بر پیروان حکمت متعالیه، برخی نیز از زوایه های عملگرایانه از فلسفه دفاع کرده و آن را مانند دیگر دانش‌ها سودمند می‌دانند. این گروه البته به یک نوع تفکیک قائلند و بر این باورند که فلسفه در معرفت دینی ما مؤثر نیست و نباید متون مقدس دینی را با مبانی فیلسوفان، تفسیر کرد.
بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران، خمینی کبیر، به‌عنوان یکی از مهمترین احیاکنندگان فلسفه اسلامی در دوره معاصر، آگاهانه و بی‌واهمه از تهمت‌ها پا در عرصه تعلیم و تعلم فلسفه گذاشتند و در سن ۲۷ سالگی به عنوان استاد مسلم فلسفه مشاء و حکمت متعالیه به تدریس فلسفه صدرالمتألهین پرداختند. ایشان اما صرفاً برای معدود شاگردانی زبده که فهم بالایی از مفاهیم فلسفی و احکام اسلامی داشتند تدریس فلسفه میکردند. همانطور که در بالا اشاره شد، علامه محمد حسین طباطبایی نیز در همین مکتب رشد یافت و شاگردان خوش فکری همچون شهدی مرتضی مطهری را پروش داد.
با نگاهی به شخصیت های برجسته ای همچون حضرت امام (ره) و شهید مطهری و دیگر بزرگانی که به فلسفه نظر مثبتی داشتند می توان دید که تعقل و تعبد مباینتی با هم ندارند و حتی مکمل هم نیز هستند. ولی سوای اینکه موضعی در این بحث بگیریم می توانیم با قاطعیت نتیجه گیری کنیم که حضور بحث های عقلی در حوزه، امری حیاتی است که باعث قدرت عملی طلاب می شود و دست کم از این منظر، تدریس فلسفه در حوزه ها ضرورت می یابد.